Seit einigen Jahren ist die Aids-Hilfe zertifiziert nach DIN EN ISO 9001:2015 und nach AZAV. Die DIN EN ISO 9001:2015 ist die internationale Norm für Qualitätsmanagementsysteme. AZAV bedeutet Akkreditierungs- und Zulassungsverordnung Arbeitsförderung. Für Beschäftigungsprojekte, wie sie die Münchner Aids-Hilfe betreibt, ist eine Zertifizierung nach dieser Norm vorgeschrieben, wenn sie bestimmte Qualifizierungsangebote machen wollen.